北京清能創新科技有限公司原名北京清華同方科技公司，組建于1992年5月，是一家以清華大學的高科技為依托并經北京市科學技術委員會認定的高新技術企業。2005年公司通過股份制改革，由清華控股有限公司和中核能源科技有限公司合作投資組建，注冊資本1552.49萬元，改名為北京清能創新科技有限公司。2012年1月，清華控股有限公司通過《股權轉讓合同》回購了中核能源科技有限公司持有的5.50%股權，公司變為清華控股有限公司的全資子公司。